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「益生菌」是指可改善宿主 (動物或人類) 腸內生態平衡，並有正面效益的活性微生物。
​　　主要的作用是透過建立對腸道有利的環境，使腸道內的有益菌叢佔絕對優勢，進而利用益生菌的多種優勢，例如：調整腸道酸鹼值、分泌抗菌物質、分泌維生素、增強免疫系統活力、產生多種消化酵素…等，藉此便能有效抑制病原菌生長，增強免疫力，整腸健胃，促進禽畜對維生素、礦物質的吸收，提高營養吸收率、改善飼料轉換率、促進生長以節省飼養成本。
　　益生菌在抑制病原菌或是對抗疾病的效果上，或許不如抗生素或化學藥物般顯著快速，但是益生菌不會在禽畜體內殘留，沒有抗藥性問題，不會對環境造成危害，更不會傷害食用者的健康，相當適合長期穩定使用。

保持腸道環境健康：
​(1) 建立腸道優勢菌叢，阻礙病原菌生長：益生菌通過消化道進入腸道中後，可在腸壁絨毛特定部位定植並加速繁殖，透過競位作用 (競爭生長環境)，使得病原菌無法在腸道中生長繁殖。有害菌減少，腸道中的毒素也隨之減少，有助於整腸健胃、保持健康。
(2) 調整腸胃道的酸鹼值，整腸健胃、促進消化：益生菌進入腸道後，能立即分泌乳酸，產生短鏈脂肪酸、乙酸等物質，改變腸道的生態環境，使其偏酸性。此種環境有利於多種益生菌生長，而對於喜好鹼性環境的有害病原菌則有抑制的作用，可降低患病率。
(3) 緩解病症，加速恢復健康：當禽畜受到緊迫時，食慾下降，因饑餓引起腸道環境變為鹼性。此時，腸炎、腹瀉、下痢及其他疾病的發生率都將大幅提高。而益生菌進入腸道後，能調整腸道的生態環境，緩解病症，並同時達到抑制病原菌生長之目的。
(4) 抑制氨氣及胺類等刺激性物質的產生：腐敗細菌在腸道中分解食物的代謝過程中，會產生氨氣、胺類、硫化氨、糞臭素、酚類等物質，這類產物會導致腸道過度蠕動，引發腹瀉及下痢。而益生菌可以抑制氨氣及胺類的產生，以減少這種代謝物對腸道造成的傷害，解決禽畜因消化不良而產生的腸道疾病。

產生特定的代謝產物：
​(1) 乳酸、甲酸、醋酸：乳酸菌的主要代謝產物，可調整腸胃道的酸鹼值 (pH value)，建立偏酸性環境，促進益菌繁殖，並使得偏好鹼性環境的有害病原菌難以生長。
(2) 短鏈脂肪酸：甲酸、乙酸… 等。
(3) 抑制病原菌的抗菌物質：iturin A、類殺菌素、過氧化氫… 等，消滅阻礙病原菌滋長。降低抗生素的使用率，同時保持禽畜健康。
(4) 消化酵素：益生菌所分泌的消化酵素可幫助宿主分解營養物質，有助提高營養吸收率、改善飼料轉換率、促進生長以節省飼養成本。
(5) 維生素、胺基酸：益生菌能分泌多種養分，以供宿主 (動物或人類) 吸收利用。

營養物質來源：
​益生菌本身即富含多種養分，例如：酵母菌即含有優質蛋白、維生素B群、及多種胺基酸。

 

有效抵達腸道的活菌數
​益生菌最佳的選擇，不僅在於每公克含菌量，而是在於實際抵達腸道之活菌數含量、菌體甦活繁殖的速度、產生消化酵素活性強度，以及最適菌種的選擇。
 
選擇複方益生菌
選擇複方的活菌製劑，才能調控整體生態平衡，可避免因單一菌種大量繁殖而衍生的其他問題，且產生的效益更可兼顧整體平衡。
 
安全無毒、無副作用
​長期使用不會產生任何不適反應，無毒性，不會產生副作用，對動物健康及環境無害，才是真正優良的益生菌。
 
產品的穩定性
​大部分的益生菌產品相較於其他動物用藥，保存期限較短，需要生產者利用製造技術以提高其安定性，例如：包覆 (coating) 或微膠囊 (microcapsule)，因此選用標示有較長保存期限的產品，更可確保益生菌的使用成效。
 
需符合國際飼料添加物標準
​產品須符合國際飼料添加物標準，經美國飼料管理官方協會AAFCO確認，為可直接添加餵飼的微生物 (direct-fed microorganisms，DFM)，且使用之材料均需登錄於美國倡導之食品管制官方文獻GRAS，以確保產品的功效、安全性及穩定性。

 

　　美國食品和藥物管理局 FDA (Food and Drug Administration)，為美國政府在健康與人類服務部 DHHS (Department of Health and Human Services) 及公共衛生部 PHS  (Public Health System) 中設立的執行機構，是世界上具有絕對可信度的食品與藥物管理機構。
　　FDA為了保護消費者的健康與權益，負責檢驗並確保美國生產或進口的食品、化妝品、藥物、生物製劑、醫療設備…等各種產品的安全，並且發行相關認證，其中等級最高的認證即是「GRAS」Generally Recognize as Safe。只有經過嚴格試驗以及長時間食用皆安全無虞，才可被登錄為GRAS認證的食用原料。

要通過GRAS認證需符合許多條件，其中最重要的項目如下：

• 100% 安全。
• 100% 有效。
• 製造技術獨一無二。
• 長時間使用皆安全無副作用，對健康不會造成任何不良影響。

因此，有GRAS認證的食品，幾乎就是一種可宣稱療效的產品。由於保證不會有副作用，因此不須加註警語或有任何使用上的限制。